1999年に公開された『御法度』は、彼にとって長編映画として最後の監督作品となった。脳出血による倒れからの奇跡的な復帰作であり、幕末の新選組を舞台に美貌の小姓・加納惣三郎を巡る男たちの欲望と混沌を描いている。ここでも再び坂本龍一が音楽を担当し、さらにビートたけしが土方歳三役として重厚な存在感を放った。
男色のタブーを通じ、組織の規律が内在する脆さや集団心理の異常性を暴き出す手腕は健在だった。衰えを知らぬ映像センスと静謐な美学は、彼の生涯を貫いた「権力・集団規範への懐疑」という思想の到達点と言える。時代劇というクラシカルなジャンルを借りながらも、構造の隙間に潜む人間の魔性を抉り出す手法は、まさに鬼才の面目躍如であった。
