神社とお寺の最も根底にある違いは、信仰している宗教そのものの体系にあります。神社は日本固有の自然信仰から生まれた神道（しんとう）の祭祀施設であり、お寺は6世紀半ばに大陸から伝来した仏教の修行および礼拝の拠点です。
祀られている対象にも本質的な隔たりがあります。神社で祀られる「神様」とは、天照大御神（あまてらすおおみかみ）をはじめとする日本神話の神々や、山・海・風・巨木などの自然万物に宿る八百万（やおよろず）の神、さらには菅原道真公（天満宮）や徳川家康公（東照宮）のように国家や地域に多大な功績を残した実在の人物の御霊（みたま）です。神道では「穢れ（けがれ）」を払い清め、現世の繁栄や日々の平穏を神に感謝し祈願することが主眼となります。
対してお寺で祀られる「仏様」は、歴史上実在した仏教の開祖である釈迦如来（お釈迦様）をはじめ、阿弥陀如来、薬師如来、大日如来などの「如来」、修行を重ねて人々を救済する観音菩薩や地蔵菩薩などの「菩薩」、そして不動明王や多聞天などの「明王・天部」です。仏教は人間が抱える苦しみや煩悩から解き放たれ、悟りを開いて極楽浄土へ往生する（成仏する）ための教えと修行を目的としています。
管理・奉仕する役職も異なります。神社を司るのは神職（宮司・禰宜・権禰宜）や巫女であり、神職は神様への祝詞奏上や儀式を執り行う祭祀者としての役割を担います。一方、寺院を管理・運営するのは僧侶（住職・和尚・上人）であり、仏の教義を学び人々に説法を行いながら自らも修行を重ねる宗教指導者という立ち位置です。
