神宮と大社を分ける決定的な要素は、「祀られている神様（主祭神）」の系統にあります。
神宮に祀られているのは、主に皇統に連なる「天津神（あまつかみ）」や「歴代天皇の御霊」、皇室にまつわる神宝です。例えば、橿原神宮は初代・神武天皇を、明治神宮は明治天皇と昭憲皇太后を祀っています。また、熱田神宮は三種の神器の一つ「草薙神剣（くさなぎのみつるぎ）」をご神体としています。
対照的に、大社の多くは日本神話における「国津神（くにつかみ）」や、国土の開拓・地域を守護してきた有力な神々を祀っています。出雲大社の大国主大神（オオクニヌシノオオカミ）をはじめ、諏訪大社の建御名方神（タケミナカタノカミ）などがその代表例です。古代の地域共同体や独自の信仰基盤から発展し、朝廷からも畏敬の念をもって遇されてきた歴史を持ちます。
