近年、愛好家の間で大きな話題を呼んでいるのが、山寺の四季や象徴的な堂宇を緻密なカッティングで表現した限定切り絵御朱印です。五大堂から見下ろす山並みや、奇岩に佇む開山堂・納経堂のシルエットをあしらった芸術的な仕上がりで、初穂料は1,000円〜1,500円前後。季節ごとの数量限定頒布となるケースが多いため、見かけた際は迷わず拝受しておくことをおすすめします。
また、山寺オリジナルの御朱印帳も高い人気を誇ります。深い藍色や優美な友禅調の生地に、根本中堂や松尾芭蕉のシルエット、山寺の絶景が金糸などで刺繍されたデザインが揃っています。サイズは一般的な文庫本サイズ（小）から大判サイズまであり、値段は1,500円〜2,000円程度（御朱印代別）です。
最初の参拝場所である根本中堂や日枝神社で新しい御朱印帳を購入し、そこから1015段を登りながら各寺院の墨書で埋めていく巡礼スタイルは、旅のかけがえのない記念になります。
