ポケモンクエストにも本編同様、非常に低確率で体色が異なる「色違いポケモン」が出現します。料理が完成してポケモンがベースキャンプへやってくる際、画面上に特有の光のエフェクトとともに登場します。
色違いの出現確率は公式には明示されていませんが、ユーザーコミュニティの検証データでは約1％〜2％（およそ50回〜100回に1体程度）と推計されています。本編作品（約1/4096）と比較すると格段に遭遇しやすい設計です。
色違いの厳選を狙う場合は、素材消費の少ない「通常の鍋（鉄）」で探検回数カウントの少ない低ランク料理を大量に回すか、もようがえグッズ「カビゴンベッド（探検で得られる経験値UP）」や「ピジョン噴水（料理で複数のポケモンが来る確率UP）」などを併用し、1回の料理でベースキャンプに訪れる抽選母数を増やす立ち回りが極めて有効です。
