現在プレイ可能な環境において、前作無印と後発の『ハッカーズメモリー』の違いに戸惑う声も少なくありません。現在SwitchやPC（Steam）で展開されている『デジモンストーリー サイバースルゥース ハッカーズメモリー コンプリートエディション』では両編が1本に統合されていますが、内部仕様とストーリー軸には決定的な違いがあります。
サイバースルゥース ハッカーズメモリー違いを整理すると、本編（サイバースルゥース）が電脳空間の崩壊を巡る表舞台の壮大なヒーローストーリーであるのに対し、ハカメモは裏側のハッカーグループ視点から描かれるビターな群像劇となっています。また、登場デジモン数は約240体から330体以上へと拡張され、戦闘システムに「ドミネーションバトル」などの陣取り要素が追加されました。
本編をクリアした後に待ち受けるサイバースルゥース クリア後やりこみ要素は膨大です。各エリアに配置された超難関「偉大なる挑戦（ロイヤルナイツ戦）」や「マスターカップ」、そしてコレクターを唸らせるメダル集めが存在します。
サイバースルゥース メダル集め効率を最大化するためには、街中各所に設置されたガシャポンを回すだけでなく、「ブラックキングヌメモン」をファームリーダーに据えた依頼調査や、中野ブロードウェイのメダルマスター周辺でのドロップ狙いが必須です。合計500種類にも及ぶメダルコンプリートは、真のエンドコンテンツとしてコアゲーマーを熱中させ続けています。
