巨大な乗降客数を誇る新宿エリアだけに、Apple新宿の混雑状況は時間帯と曜日によって極端に変化します。周辺のオフィスワーカーや学生、国内外からの観光客が集中するため、訪問タイミングの見極めが快適さを大きく左右します。
週を通じて最も混み合うのは、土日祝日の13時から18時です。この時間帯は店内の人口密度がピークに達し、ジーニアスバーの待機列だけでなく、店内の展示機に触れるだけでも順番待ちが生じるほどです。平日であっても、退勤ラッシュと重なる17時半から19時半頃までは混雑が続きます。
混雑を回避するための狙い目スポットは、平日の開店直後（10:00〜11:30）および平日の20時以降です。特に午前中はスタッフの対応にも比較的余裕があり、持ち込み修理の診断や相談もスムーズに進行します。また、天候が悪い日の午前中も比較的空いている傾向にあります。
