結論から整理すると、「儀礼や身位としての最高位は天皇陛下」「国政を動かす実質的な権力のトップは内閣総理大臣」という住み分けがなされています。日本国憲法において両者の役割は明確に区別されています。
憲法第1条で天皇は「日本国の象徴であり日本国民統合の象徴」と規定され、政治的な権能を持たない純粋な権威として位置づけられています。一方で、内閣総理大臣は憲法第66条に基づき行政府の首長として国政全般を統括し、予算の編成や自衛隊の最高指揮権など強大な実権を行使します。
決定的な関係性を示すのが「親任式」です。内閣総理大臣は国会の指名を受けた後、皇居で天皇陛下から直接任命されます。形式上、任命する側(天皇)と任命される側(首相)という構図が存在するため、格式や身位の面では天皇陛下が上位に位置づけられます。