大神神社を訪れた参拝者が最初に驚くのは、通常の神社に必ず存在するはずの「本殿」がない点です。拝殿の奥に設けられた三ツ鳥居（重要文化財）越しに、直接三輪山そのものをご神体として拝する原初的な神道形態を今に伝えています。
三輪山の歴史と神話は『古事記』や『日本書紀』の時代まで遡ります。出雲の大国主神（おおくにぬしのかみ）が国造りを進める中、海を照らして現れた大物主大神（おおものぬしのおおかみ）が「吾をば倭（やまと）の青垣、東の山の上に斎きまつれ」と望み、三輪山に鎮座したと記されています。大物主大神は国造りの神であると同時に、農業、産業、医薬、酒造、さらには縁結びや厄除けまで司る万能の神威を持つ神です。
社殿が建てられる以前の太古の人々は、山や巨石（磐座・いわくら）に神が宿ると信じ、畏敬の念を持って自然を拝んでいました。三輪山はまさにその「神奈備（かむなび）」の最高峰であり、大神神社が日本有数のパワースポットとして全国の崇敬を集め続ける最大の理由となっています。
