日本医科大学付属病院の再開発と並行して進められた千駄木キャンパスのリニューアルによって、教育インフラの質は首都圏の医科大学の中でも群を抜く水準に達しました。特に学生の滞在時間が長い新教育棟の施設群と自習環境は、受験生や在学生から極めて高い評判を得ています。
中核となる教育棟には、段階的な臨床スキルを習得するための「スキルスラボ（シミュレーションセンター）」が完備されています。高機能患者シミュレーターやVRを活用した手技トレーニングルームが配置され、付属病院での臨床実習前に徹底的な実践訓練が可能です。また、大規模な講堂や可変式のアクティブラーニング教室が整備され、少人数グループディスカッション（PBL）にも柔軟に対応しています。
学習支援の要である医学図書館には、膨大な医学系電子ジャーナルへのアクセス環境に加え、個別ブース型自習席が多数確保されています。さらに、多目的ホールや同窓会機能を備えた「橘桜会館」は、国内外の学会や特別講義の舞台として機能しており、日常的にトップクラスの研究者や臨床医の知見に触れられる環境が千駄木の特徴です。
