日本科学未来館の入館料金は、公立の科学施設としての公共性を反映し、非常にリーズナブルな価格設定が維持されています。基本となる常設展のチケット料金は、大人630円、18歳以下（小学生〜高校生）210円、未就学児は無料です。さらに土曜日に関しては、18歳以下の入館料が無料となる優遇措置が設けられており、ファミリー層にとって大きなメリットとなっています。
お得に入館するための割引クーポンや連携パスの活用も見逃せません。都内主要ミュージアムを利用できる「東京・ミュージアム ぐるっとパス」の対象施設となっているほか、各種障害者手帳の提示による減免制度も整備されています。また、4月の「科学技術週間」や7月の開館記念日などに設定される無料開放日は、毎年多くの来館者で賑わいます。
注意すべき最大の関門が、高精細な立体視映像や全天周プラネタリウムを楽しめる「ドームシアターガイア」の鑑賞予約です。ドームシアターは常設展とは別料金（大人310円、18歳以下100円）で、完全日時指定の全席指定制が採られています。
公式オンラインチケットサイトにて1週間前の正午から事前販売が開始されますが、休日上映分は人気作品を中心に即座に埋まる傾向があります。「当日窓口で買えばいい」と考えて現地を訪れた結果、満席で鑑賞を断念せざるを得ないケースが後を絶ちません。ドームシアター鑑賞を旅程に組み込む場合は、入館チケットとセットで事前のWeb予約を完了させておくことが不可欠です。
