判定窓に現れる極めて薄い線の正体は、大きく分けて2つしかありません。受精卵が着床して分泌され始めたヒト絨毛性性腺刺激ホルモン（hCG）に反応している本物の「初期陽性反応」か、尿中の水分が蒸発して試薬の溝や尿成分が浮き出た「蒸発線（エバポレーション・ライン）」です。
妊娠検査薬の内部には、尿が毛細管現象によって吸い上げられるシートが内蔵されています。テストラインの部分には、hCGホルモンとのみ特異的に結合する抗体が固定化されており、尿中にhCGが存在すると、金コロイド（赤紫色）や着色ラテックス粒子（青色）と結合した抗体と挟み込まれ、目に見える色素バンドとして発色します。これが本来の陽性反応のメカニズムです。
一方、蒸発線とは化学反応による発色ではなく、物理的な乾燥現象によって生じる偽の影です。尿が完全に乾燥する過程で、尿中に溶け込んでいる微量の塩分、タンパク質、老廃物などがシート表面に濃縮されます。さらに、あらかじめ抗体が塗布されているラインのわずかな凹凸（溝）に水分蒸発のムラが生じることで、光の屈折によってあたかも線が存在するかのような影を作り出します。これが、多くの人を惑わせる「時間が経ってから現れる線」の科学的真実です。
