国内線におけるペット同伴搭乗を牽引しているのが、北九州空港を拠点とするスターフライヤーです。同社が展開する「FLY WITH PET」は、国内定期便として初めて客室へのペット同伴を本格導入し、現在では全路線・全便へと対象を拡大しています。
スターフライヤーの場合、最後列の窓側座席（27Aまたは27F席など）に専用ケージをシートベルトでしっかりと固定し、飼い主はその隣の通路側席に着席するシステムを採用しています。1便あたり最大2〜3匹までの完全予約制で、料金は1匹あたり片道50,000円に設定されています。
一方、メガキャリアであるANA（全日空）やJAL（日本航空）の定期便においては、原則として空調管理された「貨物室での預け入れ」が標準サービスとなっています。両社ともに過去にペット同伴のチャーター便（わんわんフライト等）を実施して高い反響を得ていますが、定期便への客室同伴全面導入については、乗客数の多さやアレルギー対策の観点から慎重な実証実験と検討を継続しています。
