「膠原病」という言葉は単一の病名ではなく、血管や結合組織に慢性の炎症が起きる自己免疫疾患の総称です。この大きな傘の中に、関節リウマチ、強皮症、多発性筋炎、シェーグレン症候群などと並んで全身性エリテマトーデスが位置付けられています。関節リウマチが主に関節を標的とするのに対し、SLEは「全身性（Systemic）」の名が示す通り、皮膚、腎臓、脳、肺、血液細胞など、攻撃対象が全身に及ぶ点が決定的な違いです。
なぜ本来は体を守るべき自己免疫が自分を攻撃してしまうのか。その発症機序には複数の因子が複雑に絡み合っています。
第一に性ホルモンの影響です。日本リウマチ学会および厚生労働省の統計データによると、SLEの好発年齢は20代〜40代の女性に集中しており、男女比は約1対9という極めて顕著な女性優位性を示します。女性ホルモン（エストロゲン）が免疫担当細胞であるB細胞の抗体産生を刺激し、自己反応性リンパ球の生存を促進することが深く関与していると考えられています。
第二に遺伝的素因と環境因子の相互作用です。特定のHLA（ヒト白血球抗原）型や免疫制御に関わる遺伝子変異が存在する土台に、紫外線暴露、特定の薬剤、ウイルス感染（EBウイルスなど）、過度な精神的・身体的ストレス、妊娠・出産といった外的なトリガーが加わることで、免疫寛容（自分を攻撃しない仕組み）が破綻します。その結果、大量の自己抗体が作られ、抗原と抗体が結合した「免疫複合体」が血管壁や組織に沈着し、持続的な炎症と組織破壊を引き起こします。
