業務妨害罪で警察に検挙された場合、気になるのが刑事処分の行方です。一般的に、前科のない初犯であれば、直ちに刑務所へ収監される実刑判決を受ける可能性は比較的低く、略式起訴による罰金刑（10万〜50万円程度）や、起訴されても執行猶予付きの有罪判決となるケースが多く見られます。
ただし、初犯であっても無条件で寛大な処分が得られるわけではありません。被害額が数千万円単位にのぼる場合、全国規模で業務を混乱させた場合、または取調べに対して反省の弁を述べるどころか開き直るような態度を取った場合は、初犯であっても実刑判決が下される事例が存在します。
不起訴処分（起訴猶予）を獲得し前科を避けるためには、早期に弁護士を通じて被害者側と接触し、真摯な謝罪と示談を成立させることが不可欠です。
なお、業務妨害罪の公訴時効は「3年」と規定されています（刑事訴訟法250条2項6号）。犯罪行為が終了した時点から3年を経過すると、検察官は起訴することができなくなります。しかし、ネット上の投稿はサーバーにログが残り続けるため、投稿自体が過去であっても「被害が継続している」と解釈されるケースや、民事上の不法行為責任（損害および加害者を知った時から3年、不法行為時から20年）は別個に進行する点に注意が必要です。
