青い瞳を持つ猫には、何世代にもわたる選択交配によってその美しさが固定された特定の品種が存在します。代表的な青い目の猫品種一覧を俯瞰すると、瞳が青くなる遺伝的ルーツには明確な違いがあります。
ポインテッド種の代名詞であるシャム猫青い目の理由は、ヒマラヤン遺伝子とも呼ばれる「cs遺伝子」の働きにあります。この遺伝子は、メラニンを合成する酵素（チロシナーゼ）が「体温の高い場所では働かず、体温の低い先端部でのみ活性化する」という熱感受性の変異を持っています。母胎の温かい子宮内では色素が作られず白く生まれ、誕生後に冷えやすい耳、鼻先、手足、尾にだけ色が乗ります。そして、体温の高い頭部にある眼球（虹彩）では酵素が働かないため、一生涯メラニンが沈着せず、深く澄んだサファイアブルーの瞳が維持されます。
同じく世界中で絶大な人気を誇るラグドール目の色も、このカラーポイント遺伝子の恩恵を受けています。大型で豊かな被毛を持つラグドールは、基準として成猫時に明確な青い瞳を持つことが主要な血統登録団体（CFAやTICA）で厳格に定められています。瞳の青さの深さには個体差がありますが、淡いアクアマリンから吸い込まれそうなディープサファイアまで、多彩なグラデーションがファンを魅了しています。
さらに、トルコの国宝として知られる純白のターキッシュアンゴラ青い目は、前述のポインテッド種とは異なり、優性白遺伝子（W遺伝子）によって毛色とともに虹彩の色素が抑えられた結果です。絹のような被毛とアーモンド型の青い瞳のコントラストは、古来より王侯貴族に愛されてきました。
