シリーズの歴史を語る上で避けて通れないのが、韓国Mnetで2019年に放送された『PRODUCE X 101（韓国版シーズン4）』に端を発するPRODUCE X 101 順位操作事件です。
当時、最終回で発表されたプロデュース101 歴代投票結果において、得票数の差額に特定の規則的パターン（特定の倍数列）が発見され、視聴者による真相究明委員会が結成されました。韓国捜査機関による家宅捜索の結果、制作統括責任者による組織的な票操作が明るみに出て、誕生したグループ「X1」はわずか数ヶ月での解散を余儀なくされました。この出来事は、オーディション番組における「ファンの熱量と投じた金銭の尊厳」を揺るがす深刻な事態として記録されています。
この事件を経て、日本版である『PRODUCE 101 JAPAN』シリーズでは徹底的な不正防止策が導入されました。制作・運営体制は吉本興業とCJ ENMの合弁会社であるLAPONE ENTERTAINMENTが主導し、投票集計には第三者機関による独立監査システムを常時導入。透明性の担保が番組の存続基盤となっています。
