琵琶湖博物館へアクセスする際、多くの初来館者が戸惑うのが駐車場の利用手順です。博物館に隣接する「烏丸半島駐車場」はゲート式の有料駐車場（普通車550円）となっていますが、博物館の観覧券を提示して館内の総合案内（認証機）で処理を受けることで駐車料金が無料になります。この認証を忘れてそのまま出庫しようとすると課金されてしまうため、駐車券は必ず館内に持参してください。
公共交通機関を利用する場合は、JR東海道本線（琵琶湖線）の「草津駅」西口から近江鉄道バス（琵琶湖博物館行き）に乗車し、終点まで約25分で到着します。土日祝日はバスの本数が1時間に1〜2本程度に限られる時間帯があるため、事前の時刻表確認が不可欠です。
館内の混雑傾向としては、土日祝日の11:00〜14:30がピークとなります。特にディスカバリールームや水族展示室のトンネル水槽周辺はファミリー層で賑わうため、人混みを避けて快適に鑑賞したい場合は、開館直後の9:30に入館するか、14:30以降の遅めの時間帯を狙うのが賢明な戦略です。
