しこりの正体が最もポピュラーな粉瘤であった場合、根治のための唯一の方法は「袋（嚢腫壁）を完全に摘出すること」です。塗り薬や飲み薬で袋そのものが消滅することは構造上あり得ません。多くのクリニックでは、局所麻酔を用いた20〜30分程度の日帰り手術が定着しています。
現在行われている術式には、袋を直接視認しながら紡錘形に切開して取り出す「従来切開法」と、特殊な円形メスでわずか数ミリの穴を開けて内容物と袋を絞り出す「くり抜き法（へそ抜き法）」があります。くり抜き法は傷跡が非常に小さく済む反面、袋の取り残しによる再発リスクが切開法よりわずかに高いという側面があり、医師の技量と患部の状態に応じた選択がなされます。
患者が最も気になる粉瘤摘出手術の費用については、美容目的の自費診療と誤認されがちですが、健康保険が適用されます。診療報酬点数に基づき、露出部（顔・首・肘から先・膝から下）か非露出部（背中・腹部など）、および切除する病変の直径によって費用区分が規定されています。
窓口負担3割の場合、非露出部で長径3cm未満の手術手技料は約4,000円前後、露出部で長径2cm未満では約5,000円〜6,000円程度が目安です。これに初再診料、局所麻酔薬、術前血液検査、病理組織顕微鏡検査（約3,000円）や処方箋料が加算されるため、総支払額の相場はおおむね8,000円〜15,000円程度に収まるのが一般的です。民間医療保険の「皮膚・皮下腫瘍摘出術」特約の給付対象になるケースも多いため、事前に保険会社への約款確認をおすすめします。
