新天地となった横浜ベイスターズで、駒田氏は「マシンガン打線」の中核（主に5番・一塁手）として大活躍を見せます。移籍5年目の1998年にはチームを38年ぶりの日本一へと牽引し、自らの打撃スタイルが間違いではなかったことをグラウンド上で証明してみせました。
一方で、駒田氏の頑固なまでの野球哲学を象徴する出来事として語られるのが、2000年6月18日の阪神戦で起きた「バント拒否・試合中帰宅事件」です。当時の権藤博監督から出された送りバントのサインに納得がいかず、凡打後にベンチ裏へと下がりそのまま帰宅。首脳陣から厳しい処分を受けました。この事件は物議を醸したものの、自らの打撃に対する揺るぎない矜持と妥協を許さない性格を物語るエピソードとして知られています。同年に名球会入りとなる通算2000安打を達成し、現役生活に幕を降ろしました。
