進学を検討する際、まず直面するのが「学力基準」です。日本航空高等学校の偏差値は、学科やコースによって明確に分かれています。
山梨キャンパスにおける普通科の偏差値は40〜47程度、パイロットや整備士を目指す航空科（航空工学科・航空操縦科など）は45〜50前後が一つの目安とされています。石川キャンパス（日本航空高等学校石川）においても同様のレンジで推移していますが、一般的な進学校のようなペーパーテスト偏重の入試とは一線を画しています。
特にパイロット養成を視野に入れたコースでは、学科試験の点数以上に航空身体検査基準に準じた健康診断や、航空適性検査、面接試験が極めて重要視されます。入試倍率自体は推薦入試で1.0〜1.3倍、一般入試で1.2〜1.5倍程度で推移することが多いものの、専門コースでは定員枠が厳格に管理されているため、専願（第一志望）推薦を軸に早期から準備を進めるのが定石です。
