ぬか床表面に溜まる液体を「ただの野菜の搾りかす」と見なすのは致命的な誤解です。東京農業大学などの発酵醸造学の研究や老舗漬物専門店の知見を総合すると、ぬか床の水分には植物性乳酸菌（Lactobacillus plantarum等）や産膜酵母、米ぬか由来の水溶性ビタミンB群、そして野菜から溶け出した遊離アミノ酸（グルタミン酸など）が凝縮されています。
ぬか床の水分を捨てるデメリットとして最も深刻なのが、塩分濃度の急激な低下です。浸透圧によって野菜から出た水分をそのまま汲み出して捨てると、ぬか床全体の塩分が知らず知らずのうちに希釈されます。ぬか床内の安全圏とされる塩分濃度10〜12%を割り込み、8%以下に落ち込むと、雑菌や腐敗菌の繁殖を抑え込む「静菌作用」が機能しなくなります。結果として、悪臭の発生やカビ（産膜酵母の異常繁殖）、ぬか漬け特有の酸味の崩壊に直結するのです。
近年、ベテランの漬物職人間で語られる「ぬか床水抜き不要の真相」もここに起因します。本来、伝統的な製法において水分は「捨てるもの」ではなく、新しい乾いた米ぬかと塩を補給して「吸わせるもの」でした。水分を捨て続けると、乳酸菌の密度が激減して発酵力が低下し、酸味も旨味もない「ただ粉っぽいだけの泥状物質」へと成り下がってしまいます。
