ノエビアにおける収益構造は、大きく分けて「ダイレクトな小売マージン（差益）」と「グループ育成によるリーダーシップ手数料」の2階建てで設計されています。
ノエビア代理店報酬体系の基礎となるのは、仕入れ価格と販売価格の差額です。例えば、定価10,000円の高級美容液「スペチアーレ」シリーズなどを正規代理店レート（仕入れ率50%と仮定）で仕入れ、定価で顧客へ対面販売した場合、ノエビア化粧品販売手数料に相当する差益として5,000円（50%）が手元に残ります。この高いマージン率は、カウンセリングやスキンケア指導という人的サービスへの対価と位置づけられています。
さらに、自らの傘下にある特約店が商品を仕入れた場合、代理店との仕入れ率の差額（例：特約店仕入れ65% − 代理店仕入れ50% ＝ 15%の育成手数料）が本部より支払われる仕組みです。このように、ノエビア代理店の仕組みは「自ら売る力」と「人を育てて組織流通を広げる力」の掛け算によってレバレッジが効く設計になっています。
加えて、年間の総出荷額やグループ全体の拡大ペースに応じて、ボーナス（リベート）や表彰旅行、インセンティブが支給される制度が存在します。トップ層が年収数千万円規模に達すると報じられる背景には、この重層的なオーバーライドマージンが存在しています。
