二月堂を語る上で欠かせないのが、毎年3月1日から14日にかけて執り行われる「お水取り」の通称で知られる修二会（しゅにえ）です。天平勝宝4年（752年）、東大寺開山・良弁僧正の高弟である実忠和尚（じっちゅうかしょう）によって始められて以来、戦争や火災の危機を乗り越え、1270年以上一度たりとも途切れることなく継続されています。
修二会とは、選ばれし11名の練行衆（れんぎょうしゅう）が、人々に代わって本尊の前で罪を懺悔し、天下安泰と人々の幸福を祈る「悔過（けか）法要」です。堂内に祀られている本尊の秘仏 十一面観音は、大観音・小観音ともに誰も拝むことが許されない「絶対秘仏」であり、厳重な帳の奥に安置されたまま祈祷が行われます。
夕闇の中で繰り広げられる「お松明（おたいまつ）」は、練行衆が堂へ上る道明かりとして焚かれる荘厳な儀式です。期間中のお松明の開始時間は以下の通り定められています。
舞台の欄干から火の粉が豪快に散る光景は圧巻の一言であり、火の粉を浴びると無病息災で過ごせると信じられています。3月12日深夜（13日未明）には、若狭井（わかさい）から香水を汲み上げる「お水取り」の儀式が行われ、春の訪れを告げる古都の風物詩となっています。
