「この言葉はどの宗派で唱えるのが正しいのか」という問いに対し、宗教学的な回答は明確です。南無釈迦牟尼仏を日常的かつ儀礼の中心で唱える代表的な宗派は、日本三禅宗と呼ばれる曹洞宗（そうとうしゅう）、臨済宗（りんざいしゅう）、黄檗宗（おうばくしゅう）です。また、平安仏教の母山である天台宗においても、釈迦如来を称える神聖な「宝号（ほうごう）」として重用されています。
特に曹洞宗では「本唄名（ほんばいみょう）」として大切に扱われ、臨済宗の道場でも読経や坐禅の導入において必ず三度唱和される（三唱）など、禅の修行生活における揺るぎない背骨となっています。
禅宗がなぜ釈迦牟尼仏を根本の本尊として崇めるのか。その理由は、禅が掲げる「不立文字（ふりゅうもんじ）」「教外別伝（きょうげべつでん）」の思想に直結しています。経典に書かれた言葉の解釈に終始するのではなく、お釈迦様が菩提樹の下で体験した「悟りの境地（坐禅の姿）」そのものを、師から弟子へと心を通じて直に受け継いでいくことこそが禅の神髄だからです。
歴史上の実在人物である釈迦が自らの力で煩悩を打ち破り、覚醒したという事実そのものが、修行者にとって最大の希望であり規範となります。禅寺の住職は法話で次のように語ります。「お釈迦様を雲の上の遠い神として拝むのではない。釈迦の坐った姿に自分を重ね合わせ、自らの内にある仏性を掘り起こすために『南無釈迦牟尼仏』と唱えるのです」。
