事態の重大性を鑑み、国家公安委員会および警察庁は広域捜査の指揮を執るべく、警察庁特別捜査本部を本格始動させた。これに伴い、京都府警内部には専従の「南丹市小学生失踪捜査プロジェクト」が編成され、プロファイリングの専門官や科学捜査研究所の精鋭が南丹警察署へと続々と送り込まれている。
地方自治体の枠組みを越えたこの合同プロジェクトは、過去数十年にわたる未解決事案のデータパターンを照合し、容疑者の行動心理や逃走経路をAI解析によって多角的に予測。単なる地域捜査にとどまらず、全国の主要幹線道路におけるNシステム（自動車ナンバー自動読取装置）のログを遡り、犯人の足取りを徹底的に洗い出している。
