マラソン当日は道路交通だけでなく、路線バスにも甚大な影響が及びます。特に東京都交通局が運行する都営バス運休情報には注意を払う必要があります。
コースを横断する多数のバス路線（東43、都02、都08、門33、業10系統など）では、始発から夕方にかけて「全区間運休」や「途中折り返し運転（運行区間短縮）」が実施されます。普段バスを利用して通勤・通院している方は、運行情報を事前に交通局公式サイトで確認しておくことが必須です。
対照的に、JR各線、東京メトロ、都営地下鉄などの鉄道路線は原則として通常運行を行います。地下鉄は規制道路の影響を受けないため、当日の都内移動において最も確実で迅速な移動手段となります。ただし、スタート・フィニッシュ地点の最寄り駅（都庁前駅、新宿駅、東京駅、二重橋前駅、日比谷駅など）は応援者やランナーで構内が一時的に大混雑します。
