牡蠣を食べて生じる体調不良の代表格はノロウイルスですが、それ以外にも腸炎ビブリオ感染症や一般細菌、さらにはアレルギー反応など複数の要因が絡み合っています。症状の重さは、体内に入った病原体の量、摂取時の体調、胃酸の分泌状態、過去の感染による獲得免疫の有無によって大きく左右されます。
たとえば、体内に侵入したノロウイルスの粒子数がごく微量であった場合や、本人の免疫力が高くウイルス増殖が初期段階で抑え込まれた場合、激しい嘔吐や激痛を伴う下痢には至らず、牡蠣あたり微熱と胃もたれ、軽い胸やけ、1〜2回の軟便程度で収まるケース（不顕性感染に近い軽症例）が珍しくありません。
潜伏期間についても原因物質ごとに明確な違いがあります。食後どのくらいの時間が経過してから症状が出始めたかを確認することが、原因特定の重要な手がかりになります。
- ノロウイルス：潜伏期間は24〜48時間（最短12時間）。冬場に最も多く、微熱・吐き気・腹痛・下痢を引き起こします。
- 腸炎ビブリオ：潜伏期間は8〜24時間（最短2〜3時間）。主に海水中に生息する細菌で、夏場や生の魚介類を介して急激な腹痛や下痢を誘発します。
- 黄色ブドウ球菌などの毒素型細菌：潜伏期間は1〜6時間と非常に短く、食べてすぐに吐き気や胃のむかつきが出現します。
