牡蠣そのものが毒を生成しているわけではありません。牡蠣は海水を取り込んでプランクトンを食べる「二枚貝特有の濾過摂食」を行っており、1時間に約20リットルもの海水を取り込みます。この循環の過程で、海水中に浮遊する微小なウイルスや細菌が内臓（中腸腺）に高濃度で蓄積されていくのが食中毒発生の根本的な経緯です。
冬場の食中毒の大半を占めるのがノロウイルスです。感染力が極めて強く、わずか10〜100個程度の微量なウイルス粒子が体内に入るだけで激しい胃腸炎を引き起こします。主な症状は、突発的な吐き気、激しい嘔吐、水様性の下痢、腹痛、そして37〜38度前後の発熱です。
一方で、夏場や初秋などの温暖な時期に注意が必要な病原菌が腸炎ビブリオです。海水中に常在する細菌で、水温が20℃を超えると爆発的に増殖します。腸炎ビブリオの潜伏期間は約12〜24時間（早い場合は2〜6時間）とノロウイルスより短く、激しい腹痛と下痢を特徴とします。生牡蠣を食べて食中毒になる確率は、厳格な衛生検査を通過した流通品であれば極めて低い水準に抑えられているものの、体調や保管環境、調理法次第でリスクは大きく跳ね上がります。
