俳優・山本太郎の評価を不動のものとしたのが、2000年代前半に集中した映画およびドラマでの傑出したパフォーマンスです。
2000年に公開され社会現象を巻き起こした深作欣二監督の映画『バトル・ロワイアル』では、過去のゲームを生き残った謎多き転校生・川田章吾役を好演。過酷なデスゲームの中で中学生たちを導く冷徹さと内に秘めた優しさを、当時20代半ばとは思えない重厚な佇まいで表現し、作品のサスペンスと人間ドラマを大きく底上げしました。
さらに2004年のNHK大河ドラマ『新選組！』（三谷幸喜脚本）では、槍の名手である十番隊組長・原田左之助役に抜擢されます。豪快で情に厚く、仲間を命がけで守る熱血漢を躍動感たっぷりに演じ切り、歴代大河ドラマの中でも屈指の愛されキャラクターとして視聴者から絶大な支持を集めました。切腹の真似事をして腹に傷を作ったエピソードなど、破天荒ながらも人間味に溢れる演技は、今なお大河ファンの間で語り草となっています。
また、2002年の映画『夜を賭けて』（金守珍監督）では、在日朝鮮人の集落で鉄屑を拾いながら生き抜く若者・金山俊日役を鬼気迫る熱量で演じ、第45回ブルーリボン賞助演男優賞を受賞。名実ともに日本映画界を代表する名バイプレイヤーとしての地位を確立しました。
