東京サミットの開催地となる巨大施設「エッジ・オブ・オーシャン」で突如発生した大規模爆破事件。現場の鑑識から検出された指紋データ、さらにパソコンに残された不正アクセスの痕跡から、警視庁公安部は毛利小五郎を容疑者として電撃逮捕します。無実を訴える小五郎を救うため、コナンは事件の裏で暗躍する安室透に接触を試みますが、安室は敵とも味方ともつかない冷酷な態度でコナンの前に立ちふさがります。
物語の核心である「なぜ毛利小五郎が逮捕されなければならなかったのか」という疑問。その真相は、安室透が仕掛けた冷徹極まる罠でした。安室が所属する警察庁警備局警備企画課（通称「ゼロ」）は、今回の爆破が何者かによるテロであると確信していたものの、テロリストの手口が極めて巧妙であり、サミット開催までに真相を突き止めるには公安の力だけでは足りないと判断していました。
そこで安室は、並外れた推理力と行動力を持つ江戸川コナンを本気で動かすため、コナンにとって絶対に看過できない「毛利小五郎の容疑者仕立て上げ」を決行したのです。公安警察官・風見裕也の手を使い、小五郎のパソコンに証拠データを偽装して植え付けさせるという完全な違法捜査。すべては「コナンという切り札を事件の渦中に引きずり込み、国家規模の危機を回避する」ための非情な一手でした。
