民医連の存在が議論を呼ぶ最大のポイントが、特定政党との関係性や政治的姿勢だ。結成期の指導者には、医師であり政治家・社会運動家でもあった太田典礼らの存在があり、左派的な社会運動と軌を一にして成長してきた史実がある。そのため、現在でも日本共産党との深い関わりを指摘される機会は多い。
実際に憲法改正反対や安全保障関連法案への異議、社会保障費の削減反対などを掲げた署名活動が院内で行われる場面も見られる。政党幹部である志位和夫氏らが集会等でメッセージを寄せることもあり、こうした強い運動色が患者や就職希望者に様々な受け止め方をもたらしている。もっとも、実際の診療現場において個人の思想信条によって診察やケアに差別が生じることはなく、医療機関としての機能は厳格に保たれている。
