お笑い批判以前に、茂木氏の道義的責任を決定的に傷つけたのが、2009年11月に東京国税局の税務調査によって発覚した約4億円にのぼる所得の申告漏れです。
報道各社の取材や当時の公式発表によると、茂木氏は2006年から2008年までの3年間、テレビ出演料や講演料、多数のベストセラー書籍による印税など莫大な収入があったにもかかわらず、確定申告をまったく行っていませんでした。重加算税を含む追徴税額は約1億6000万円に達したと報じられています。
会見や手記の中で茂木氏は、「あまりの多忙さから確定申告の手続きを放置してしまった」「意図的な隠蔽ではない」と釈明。悪質な仮装・隠蔽を伴う刑事告発（脱税罪）には至らなかったものの、「義務教育を受けていれば確定申告が必要なことくらい誰でもわかる」「知性や理性を売りにする脳科学者が税金を完全に放置していたのは筋が通らない」と、世論から凄まじい批判を浴びました。
この結果、長年メインキャスターを務めていた『プロフェッショナル 仕事の流儀』の一時降板を余儀なくされるなど、学者・知識人としてのクリーンなイメージは完全に失墜することになりました。
