マゴチ調理において最初にして最大の関門となるのが、外見上の危険部位の処理です。マゴチのトゲにはオニオコゼのような致死性の毒はありませんが、刺さると激しい痛みと腫れを引き起こします。これはトゲ表面の粘液に含まれるタンパク質性成分や、付着している海洋細菌（ビブリオ属など）が傷口から侵入することによる炎症です。調理前に必ず適切な防護と切除を行う必要があります。
安全に作業を進めるための下処理ステップは以下の通りです。
まず、軍手や耐切創手袋を着用し、フィッシュグリップ等で魚体を固定します。包丁を使う前に、切れ味の良いキッチンバサミを用意してください。切除すべきポイントは、両エラ蓋にある鋭利なトゲ（左右計4箇所）と、背ビレ・胸ビレ・腹ビレの先端です。これらを根元からバサミで切り落とすだけで、その後の作業安全性が劇的に向上します。
続いて重要なのが「マゴチのヌメリ取り」です。体表に厚い粘液層をまとっているため、そのままでは包丁が滑って思わぬ怪我に繋がります。シンク内でタワシや金タワシを使い、流水を当てながら頭部から尾に向かってしっかりと擦り落とします。さらに粗塩を全体に擦り込んで揉み洗いし、最後にペーパータオルで水気を完全に拭き取ることが、生臭さを抑える決定打となります。
