私立大学への進学で避けて通れないのが学費の問題です。流通科学大学の学費は、文系私立大学の全国平均と同等からやや良心的な水準に設定されています。
初年度の納入金（入学金＋授業料・施設設備費など）は約130万〜135万円前後、4年間の総額は約440万〜460万円程度となります。実習設備や情報環境が整っている点を考慮すると、標準的な費用設定と言えます。
さらに注目すべきは、経済的支援と学習意欲を高めるための特待生制度（奨学金制度）の充実度です。一般選抜や共通テスト利用入試における成績優秀者を対象に、授業料が全額免除または半額免除となる特待生枠が広く設けられています。成績を維持することで4年間の学費負担を国公立大学並み、あるいはそれ以下に抑えることも十分に可能です。
