愛らしい仕草の一方で、各地で報告されるタイワンリスの被害実態は極めて深刻です。げっ歯類特有の伸び続ける前歯を削る習性（削歯行動）があるため、木だけでなく硬い人工物を激しくかじり倒します。
特に都市部で脅威となっているのが電線や光ファイバーケーブルへの被害です。ケーブルの被覆を食い破ることでショートによる停電事故やインターネット回線の切断を引き起こし、都市インフラを麻痺させる危険性が日常的に潜んでいます。また、一般住宅の戸袋や屋根裏に侵入して断熱材を荒らし、柱や雨戸を損傷させる家屋被害も後を絶ちません。
農業現場におけるタイワンリスによる電線・農作物被害も甚大です。ミカンやビワ、カキなどの果樹を好んで食い荒らすほか、樹木の樹皮を広範囲に剥ぎ取る「剥皮被害」によって庭木やスギ・ヒノキなどの有用林木を枯死に至らしめるなど、林業や生態景観にも壊滅的な打撃を与えています。
