京都八幡倉庫店は、国道1号線や第二京阪道路(京田辺松井IC・八幡東IC)からのアクセスに優れる一方、店舗前の「山手幹線」および「きんめい通」交差点付近が構造的なボトルネックとなっています。約800台分用意された駐車場(平面・屋上)は、土日祝の午前11:00から午後15:30にかけて完全にキャパシティを超え、入庫待ちの車列が本線にまで伸びる事態が日常化しています。
車以外の交通手段として、路線バスを利用したアクセスも実用的な選択肢です。最寄り駅であるJR学研都市線「松井山手駅」からは、京阪バス(樟葉駅行き等)を利用して約5〜8分、「ソフィアモール」または「きんめい公園」停留所で下車すれば徒歩数分で店舗へ到達できます。近鉄京都線「新田辺駅」からもバス運行があり、運転免許を持たない単身者やシニア層の利用にも道が開かれています。ただし、コストコ特有の巨大な商品パッケージを持ち帰るためには、キャリーカートや大型保冷バッグの持参が必須となります。