3回目接種では、1・2回目と異なるメーカーのワクチンを接種する「交互接種」が広く実施されました。ファイザー製とモデルナ製、それぞれの特徴や組み合わせによる副反応の違いには明確な特徴があります。
臨床データおよび追跡調査によると、モデルナ製を接種したグループの方が、37.5度以上の発熱や倦怠感の発現率がやや高くなる傾向が示されています。例えば、ファイザーを2回接種した後に3回目でモデルナを接種した場合（交互接種）、3回ともファイザーを接種した場合と比較して発熱する確率が約10〜15％程度高くなるデータがあります。
ただし、交互接種を行うと中和抗体価がより高く上昇するという報告もあり、「副反応の出やすさと免疫獲得の強さは表裏一体」という側面があります。いずれの組み合わせであっても重篤なリスクが跳ね上がるわけではなく、どちらを選択しても有効性と安全性は十分に担保されています。
