リーグ優勝を決めた10月10日の読売ジャイアンツ戦（東京ドーム）は、2006年シーズンを象徴するドラマチックな試合となりました。同点で迎えた延長12回表、福留孝介の値千金の勝ち越し適時打に続き、4番ウッズがスタンドへ叩き込むトドメの満塁本塁打。落合監督がベンチで流した熱い男泣きは、重圧の中で戦い抜いた指揮官の真情としてファンの脳裏に深く刻まれています。
しかし、パ・リーグ覇者の北海道日本ハムファイターズと対峙した2006年日本シリーズでは試練が待っていました。
本拠地ナゴヤドームでの第1戦を川上憲伸の好投でもぎ取ったものの、第2戦以降はダルビッシュ有や八木智哉ら若手投手陣の勢い、そして新庄剛志（SHINJO）の現役引退を契機に結束した日本ハムの熱気と機動力に屈し、1勝4敗で日本一の座を逃す結果となりました。
短期決戦特有のプレッシャーや噛み合わせの難しさを痛感させられた敗戦でしたが、この痛恨の経験こそが、翌2007年のクライマックスシリーズ導入初年度における「完全優勝（日本一奪還）」という偉業への強烈な原動力となっていきました。
