医師が患者の症状や感染部位に応じて抗菌薬を選定する際、標的となる細菌の特性（グラム陽性菌・陰性菌、好気性・嫌気性など）を見極めて処方します。代表的な抗菌薬の系統と特徴は次の通りです。
・ペニシリン系（アモキシシリンなど）：
歴史が古く安全域が広い。溶連菌感染症や中耳炎、梅毒など幅広い細菌感染に第一選択として使われる王道の薬剤。
・セフェム系（セフジトレン ピボキシルなど）：
ペニシリン系と似た構造を持ちながら、より広範囲の菌種に効果を示すよう改良された系統。外来診療で頻繁に処方される。
・マクロライド系（クラリスロマイシン、アジスロマイシンなど）：
細胞壁を持たない特殊な細菌「マイコプラズマ」や「クラミジア」による肺炎・気管支炎に効果を発揮。ペニシリンアレルギーを持つ患者の代替薬としても多用される。
・ニューキノロン系（レボフロキサシンなど）：
細菌のDNA複製を直接阻害する強力な合成抗菌薬。呼吸器系から尿路感染症まで非常に強い抗菌力を示すが、乱用による耐性化が懸念されており慎重な投与が求められる。
医師が特定の抗菌薬を処方する理由は、「細菌検査や臨床所見から疑われる病原体を最も効率よく叩き、かつ無関係な常在菌へのダメージを最小限に抑えるため」に他なりません。
