被害が多発する各自治体では、農林水産部門や環境保全課が主導し、年間数万頭規模の計画的捕獲が進められています。
現在主流の駆除手法は、キャベツやリンゴなどを誘引餌にした大型箱わな（ケージトラップ）の設置です。近年では、ICT技術を活用して獲物の侵入を管理者のスマートフォンに即時通知するスマートトラップの導入が進んでおり、見回りコストの削減と捕獲効率の向上が図られています。
【実践ガイド】ヌートリアを見かけた際の行動基準
- 【推奨】即座に距離を取り、自治体の担当課へ通報する：
発見日時、正確な場所（河川名や目印）、頭数、行動（泳いでいた、土手を掘っていた等）をメモし、市区町村の「環境課」や「農林振興課」へ情報提供してください。 - 【厳禁】餌付けや写真撮影のための接近：
人間から餌を与えられると警戒心を失い、住宅地や農地へ出没する頻度が高まります。餌付けは被害拡大の主原因となります。 - 【厳禁】素手や自前の網による捕獲：
反撃による咬傷事故や感染症のリスクが極めて高いため、専門の狩猟免許保持者や自治体委託業者以外が捕獲を試みるのは危険です。
