駅窓口の削減や「話せる指定席券売機」「みどりの券売機プラス」の導入が進むなか、領収書の後日発行やトラブル対応には各社で若干の運用の違いが見られます。
JR東日本のエリアでは、みどりの窓口の営業時間が短縮されている駅が増加しています。そのため、領収書の再発行や購入証明の依頼は、改札口にいる駅係員、またはオペレーターと通話ができる指定席券売機を介して行うケースが一般的です。定期券の購入記録が印字された券面を持参すれば、スムーズに証明手続きへ案内されます。
一方、JR西日本のエリアにおいても、みどりの券売機で購入した定期券の領収書もらい忘れに対しては、当日の購入駅窓口での履歴確認を基本としています。クレジットカードで購入している場合は、決済データと定期券番号の突合が容易なため、後日の申し出であっても比較的柔軟に対応してもらえる事例が報告されています。ただし、いずれの会社でも「定期券そのものを紛失している状態」での領収書発行は二重発行防止の観点から固く断られるため注意が必要です。