京都市立西院小学校の卒業生の多くは、隣接する京都市立西院中学校へと進学する。小中学校間の連携は非常に緊密で、合同での研修会や児童生徒の交流活動が定期的に行われている。いわゆる「中1ギャップ」を和らげるための段取りが徹底されており、進学後もスムーズに中学校生活に適応できる環境が構築されている。
かつて門川大作・元京都市長らが強力に推し進めた京都市独自の小中一貫教育の理念は、この西院の地でも確実に受け継がれている。小学校6年間の学びが中学校での探究学習や部活動へと自然につながり、地域全体で9年間の成長を見守る体制が確立されているのだ。