出雲大神宮の真髄を体感するなら、本殿の参拝だけで終わらせず、山中に鎮座する巨石群「磐座（いわくら）」と御神水「真名井の水」へ足を運ぶ必要があります。
本殿裏手に広がる御蔭山は、太古の神道における自然崇拝の原型をとどめる禁足地です。ここには宇宙の根源神とされる国常立尊（クニノトコタチノミコト）を祀る磐座をはじめ、数千年前から祈りが捧げられてきた巨石が点在しています。
禁足地エリア（鎮守の社・磐座）へ入山するには、社務所で所定の手続きを行い、「たすき（参拝証）」を拝受して身につける必要があります。神域内での私語や飲食、撮影、植物の採取は固く禁じられており、厳格な作法を守って登拝することが求められます。
一方、境内に湧き出る「真名井の水（御神水）」は、御神体山から絶え間なく湧き出す奇跡の水として知られています。古くから病気平癒や延命長寿の水として崇められ、ミネラルを豊富に含む名水を求めて遠方から給水用のペットボトル持参で訪れる参拝者が後を絶ちません。
