若き5人の戦士を束ねる国際科学技術庁(ISO)の頭脳、南部考三郎博士。彼は単なる温厚な指導者ではない。強大な力を持つ悪の組織ギャラクターに対抗するため、幼少期の健やジョーをスカウトし、超人的な戦闘訓練を施した過酷なリアリストとしての側面を持つ。
科学の力を人類の福祉に役立てようとする崇高な理念と、地球防衛という大義のために若者を危険な戦場へ送り込む道義的葛藤。南部博士というキャラクターの多面性こそが、『科学忍者隊ガッチャマン』を単なる子供向けSFから重厚な社会派サスペンスへと引き上げた立役者と言える。