医療費控除をめぐる最大の落とし穴が、いわゆる「10万円の壁」の誤認です。世間では「年間10万円を超えないと使えない」と一括りに語られがちですが、国税庁の規定では「総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5パーセントを超えた額」から控除が適用されます。新社会人や休職期間があった方、年金生活者、個人事業主で課税所得が抑えられているケースでは、年間5万円や6万円の医療費であっても控除を受けられる権利があります。
さらに見過ごせないのが、セルフメディケーション税制と健康診断証明書の関係です。セルフメディケーション税制は、特定のスイッチOTC医薬品（要指導医薬品および一般用医薬品のうち医療用から転用された風邪薬や鎮痛剤など）の年間購入額が1万2,000円を超えた場合に最大8万8,000円まで所得控除できる特例制度です。
この特例を受けるための必須要件が、「申告者が健康の維持増進及び疾病の予防への一定の取組（定期健康診断、人間ドック、がん検診、予防接種など）を行っていること」です。つまり、健康診断費用そのものはセルフメディケーション税制の金額控除対象にはならないものの、申告時には「健康診断の結果通知書」や「領収書（受診証明の記載があるもの）」の提示・保存が必須要件となります。
ここで多くの納税者が直面する構造的な選択肢が「従来の医療費控除か、セルフメディケーション税制か」という二者択一のルールです。両制度は併用が認められておらず、どちらか一方を選択して確定申告しなければなりません。高額な自由診療健診で異常が発見されず、家族全員の医療費合算でも10万円に届かない年であっても、ドラッグストアで購入した対象医薬品が年間数万円あれば、健康診断の受診証明書を添付してセルフメディケーション税制を活用する方が遥かに多くの還付を勝ち取れる場合があります。
