交通アクセスは、電車・自動車ともに極めてスムーズです。
【電車でのアクセス】
神戸電鉄公園都市線「フラワータウン駅」から徒歩約5分。改札を出て駅前のペデストリアンデッキを直進し、商業ビルを抜けると緑豊かな深田公園と博物館のエントランスが見えてきます。駅直結のバリアフリー通路が確保されているため、雨天時やベビーカー利用でもストレスなく移動可能です。大阪・神戸方面からは、JR宝塚線（福知山線）で「三田駅」に出て、神戸電鉄に乗り換えるルートが一般的です。
【車でのアクセス】
中国自動車道「神戸三田IC」から約5分、または六甲北有料道路「長尾ランプ」から約8分。幹線道路からのアクセスも良好です。
【賢いランチ対策】
館内にはフルサービスの常設レストランはありません（軽食・喫茶スペースや自動販売機コーナーのみ）。そのため、昼食には以下の2つのパターンが推奨されます。
- お弁当を持参して館内・公園で食べる：館内の指定飲食可能エリア（4階ひとはくサロンの一部など）や、天気が良ければ博物館前に広がる深田公園の芝生広場でお弁当を広げるのがファミリー層に大人気です。
- フラワータウン駅前の商業施設を利用する：徒歩数分の駅前エリア「サピエ」周辺には、うどん店、ファーストフード、ベーカリーカフェ、定食屋などの飲食店が集積しています。博物館は当日の観覧券（半券）提示で再入場が可能なため、お昼時に一度外へ出て食事を済ませてから午後の見学を再開するルートが非常に合理的です。
