多くの人が混同しやすいのが「公安調査庁」と「公安警察」の違いです。名称に同じ「公安」を冠しているものの、所属組織、権限、そして行動原理に至るまで決定的な違いが存在します。
公安警察は、警察庁警備局を頂点とし、警視庁公安部や各道府県警察本部の警備部に所属する「警察官」です。刑事訴訟法に基づく強制捜査権、捜索差押権、逮捕権、武器携帯権を保持しており、国家体制を脅かす犯罪やスパイ事件の「犯人を特定・逮捕して事件化すること」を主目的として動きます。
一方、公安調査庁の職員である「公安調査官」は、逮捕権や武器携帯権、強制捜索権を一切持ちません。相手を逮捕して処罰することが目的ではなく、「将来起こりうる国家の危機を未然に予測・予防するための情報収集と分析」に特化しています。相手方の同意に基づいた任意聴取（ヒューミント）や公開情報の緻密な精査（オシント）を積み重ねていく点が、法的手続きによる強制力を伴う警察捜査との根本的な境界線です。
