インフルエンザの主要な症状である発熱、倦怠感、頭痛は、体内の免疫系がウイルスを攻撃・排除することで数日から1週間程度で治まります。それにもかかわらずインフルエンザの咳だけ残る原因は、ウイルスそのものが暴れているからではなく、気道粘膜の激しい破壊と知覚神経の過剰興奮にあります。
インフルエンザウイルスは、気管や気管支の表面を覆っている「気道上皮細胞」に好んで感染し、細胞を破壊しながら増殖します。本来、健康な気道粘膜には微細な「線毛（せんもう）」が生え揃っており、粘液とともに外部からの異物を体外へ押し出すバリア機能を果たしています。ところが、インフルエンザウイルスによってこの上皮組織が一網打尽に破壊されると、まるで皮膚の火傷のように粘膜が剥がれ落ち、下層にある知覚神経（咳受容体・C線維など）が直接外気に晒されてしまいます。
この状態を医学的に気道過敏症（きどうかびんしょう）と呼びます。神経が剥き出しになった気道は極めてデリケートになっており、健康な時であれば何でもない刺激――冷たい空気、エアコンの風、乾燥、電話での会話、香水やタバコの匂い、衣類の擦れによるハウスダスト――に対しても「異物が侵入した」と過剰に誤認し、猛烈な咳反射を引き起こします。これが、解熱後も続く感染後咳嗽（かんせんごがいそう）の正体です。ウイルスの死骸や剥がれ落ちた粘膜を排出しようとする防衛反応が、粘膜の修復スピードを追い越して空回りしている状態と言えます。
