高性能な霧吹きを手に入れても、日常のメンテナンスを怠れば植物に害を及ぼす器具へと成り下がる。最も警戒すべきは「タンク内の水の放置」だ。
霧吹きの中に何日も水を溜めたまま常温で放置すると、内部で藻や雑菌が繁殖し、水垢がノズルを詰まらせる原因になる。不衛生な水を植物に吹きかける行為は、わざわざ病原菌を葉面に散布しているようなものだ。使用する水は毎回使い切るか新しく入れ替え、定期的にノズル部分をぬるま湯でフラッシング洗浄することが推奨される。
また、液体肥料や活力剤（メネデール等）を薄めて葉面散布する場合、使用後は直ちにタンクとノズルを真水で完全にすすがなければならない。成分がノズル内部で結晶化すると、どれほど高級な微細ミストスプレーであっても噴霧パターンが乱れ、一瞬で大粒のボタ落ちが発生するようになる。
